云南省交通厅工程质量监督站于1988年经省编委批准成立，核定编制10人，属于省交通厅下属的科级自收自支事业单位。1999年经省编委云编办[1999]第32号批复同意，云南省交通厅工程质量监督站升格为副处级事业单位，增加编制6人。2006年，云南省机构编制委员会以云编办[2006]178号文批准质监站机构规格为正处级自收自支事业单位。

2005年9月省交通厅以《关于印发工程质量监督站职责的通知》（云交人[2005]608号）明确了质监站职责：受省交通厅委托负责全省公路工程质量监督工作，具体负责新建、改建二级以上公路、特大桥、特长隧道和全省高速公路养护、大修工程的质量监督工作；负责工程监理和试验检测的业务培训及资质的日常管理；负责完工项目质量检测和质量鉴定；参与公路工程质量事故调查处理，仲裁工程质量事故争端等工作；二级以下公路建设项目，采取“统一管理，分级负责”的方式，由各州、市质监站负责工程质量监督工作。

2006年3月，根据《云南省交通厅关于调整充实厅安全生产委员会和进一步落实安全监管责任的通知》（云交运安[2006]89号）文件，公路建设施工安全生产专业委员会设在厅基建处、厅质监站，质监站在对质量监督项目进行质量监督的同时，进行施工生产安全监督管理。2007年6月，云南省交通厅以云交人[2007]119号文《云南省交通厅关于云南省交通厅工程质量监督站内设机构及人员编制的批复》批准我站设立6个科室（正科级）：综合办公室、资质管理科、监督管理科、检测管理科、安全管理科、财务科。